唐贞观年间，四川道教兴盛，青城山道人云游到此，看到此山古柏环绕，山顶酷似一艘巨大的船，中间凸起高耸古木葱郁，山水间云雾汇聚而来直冲山顶，山顶之上宽广寂静，云雾缭绕仙境一般。于贞观二年，在此依山建道场，取名冲寂观。因当地流传：“洪水朝天，金船所在，”故更名停船观，沿用八十年代。
一九九一年十月，当地百姓王勤章和多名善士组织修缮，因当时众多善信为佛门弟子，故按佛教寺院规格修建，只另外保留玉皇殿一处，取名停船寺。
山前有古迹香炉嘴，山顶古井，寺内有飞蛾古树、菩提树、银杏树、罗汉松、紫荆树、百年野生樱桃树、千年古柏数十株，奇石林立藏于佛殿之下。
最初几位信众，搜集满山石头，背抬到遗址处，花了几年时间，用十余万块石头，垒起殿堂石墙。
观音殿木材，由现主持师父，变卖家内物品、粮食、寿材，借贷，以及当地民众捐助下。从木料贩手里买下要拆的，百年古祠堂的木料、青瓦。运至停船寺，修建观音殿，弥勒殿，两边偏殿。
在数位出家师父和十方善信的发心下，在古寺平坦处修建砖木大殿五间，沿用至今。
由于512汶川大地震的影响，石块黄泥磊的墙，房顶上的瓦，多处毁坏。在几个村的村民捐助下，从家里运来木料，砖瓦，共同维修后勉强能使用。
停船寺主持，释丛宣老师父，八十余岁，修头陀行苦行，广结法缘，慈悲渡众生。发愿有生之年，把寺院大殿，弥勒殿，寮房，重新修建。
由于寺院在大山中，周围皆是种地农户，只有大年三十晚上至正月初一中午，有一定的香火。平常人迹罕至，只有师父们修行，诵经，种地劳作。
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